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▼絶滅危惧II類指定
メダガは現在、環境省が制作・公表しているレッドリスト(絶滅のおそれのある野生生物(動植物)のリスト)の絶滅危惧II類(絶滅の危険が増大している種)に指定されている。
1999年2月に環境庁が絶滅危惧II類に指定
2003年5月に環境省が絶滅危惧II類に指定
2007年8月に環境省が「メダカ北日本集団」と「メダカ南日本集団」に分類して絶滅危惧II類に指定
これは種としてのメダカが日本から絶滅することが危惧されたというよりも、地域ごとに遺伝的に大きな多様性を持った地域個体群の、局所的な絶滅の進行が危惧されたことによる。ただ昔よりメダカの総数は減少しているのは事実である。
▼絶滅原因
▽外来種による影響
本来、メダガの生息地には存在しない雑食性の外来種であるミシシッピーアカミミガメ(ミドリガメ)

ブラックバス

ブルーギル

等の放流によりメダカが捕食されている。メダカに良く似た外見の外来種のカダヤシ

がメダカの生息地を独占している。カダヤシは繁殖力と成長の早さがあるうえ、自種を含む淡水魚の卵や稚魚を多く捕食するので、いつの間にやら水域のメダカがカダヤシに置き換わっていたということもあるが、カダヤシはメダカに良く似た外見なので置き換わっていると気づかれないことが多い。また、観賞魚としてアクアシッョプで販売されている品種改良を施された飼育品種であるヒメダカ

シロメダカ

アオメダカ

などの放流により雑種が生まれ、地域特有の遺伝的特徴を持った野生のメダカが消滅している。
▽環境変化による影響
都市開発により水田や池、沼などの埋め立てや、用水路の地下化、生活排水や農薬などによる水質汚染などが原因。また、河川整備でコンクリート化された河川は真っ直ぐに作られる為にメダカが住むには水の流れが早い。川岸や川底がコンクリートで固められている為に産卵時や隠れ家となる水草が減少。川底もコンクリートで固められ泥や土がなくエサとなる動・植物プランクトンも減少していることなどが原因。
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